Le grand historien de l'Eglise ancienne, Eusèbe de Césarée, note que l'apôtre André, frère de Pierre et "premier appelé", évangélisa les rives européennes du Pont-Euxin (c'est-à-dire de la Mer Noire). C'est lui qui selon une tradition symbolique, aurait fondé l'église de Byzance. Saint Jean Chrysostome qui fut, au début du 5ème siècle, archevêque de Constantinople, célèbre en celle-ci "la ville des apôtres", ajoutant :

"voilà ce que fait celle qui reçut un tel fondateur". Le prestige de la cité cependant survint avec la transformation de Byzance en Constantinople, la ville de l'empereur Constantin qui fixa dans cette "nouvelle Rome" la capitale de l'empire. L'inauguration officielle eut lieu le 11 mai 330. Un des successeurs de Constantin, Théodose, qui assura la victoire de la foi de Nicée et permit la réunion du deuxième Concile Œcuménique, fixa définitivement sa résidence à Constantinople, déjà dotée de toutes les institutions civiles de l'ancienne Rome. L'évêque de la capitale détenait alors de fait une autorité exceptionnelle. Le 3ème Canon du Concile de 381 affirma que cet "évêque doit avoir un honneur privilégié après l'évêque de Rome, parce que cette ville est une nouvelle Rome". Autorité morale sans limites géographiques, de même qu'il n'y en avait pas à celle de l'ancienne Rome. Constantinople n'était-elle pas, comme l'écrivait saint Grégoire de Nazianze, qui vint y prêcher contre les ariens le mystère trinitaire et fut un moment son archevêque, "la première ville après la première de toutes" ?

C'est au 9ème siècle que le Patriarcat envoie les saints Cyrille et Méthode évangéliser les slaves (d'où l'alphabet cyrillique).En 1054, le schisme est consommé pour des raisons théologiques (adjonction du Filioque dans le Credo latin) mais aussi politique : les croisades sont la première conséquence de cette séparation (1204 prise de Constantinople par les croisés et destruction du Patriarcat). Pendant 57 ans, le Patriarche déplace son siège à Nicée. 

En 1453, Constantinople est prise par les Turcs. Sous Mahomet II tous les chrétiens de l'Empire Ottoman sont considérés comme une nation. Le Patriarche est investi, en plus de son autorité spirituelle, du titre d'Ethnarque, responsable de tous les chrétiens devant la "Porte sublime".

Aujourd'hui, malgré la laïcité (1922), le Patriarcat vit, en Turquie, une situation relativement précaire et ce qui reste de l'Orthodoxie, après conflits et génocides, y est souvent menacé. Selon le traité de Lausanne de 1923, Ankara et Athènes disposent d'un droit de veto lors de l'élection des chefs de leur minorité religieuse respective. Ainsi, l'élection du Patriarche est soumise à l'approbation de l'état turc. La difficulté de compréhension vient du fait que le successeur de l'Apôtre André n'est pas seulement le responsable de la minorité orthodoxe de Turquie (quatre à cinq mille descendants des byzantins), il est avant tout le Premier Patriarche de toute l'Orthodoxie. Ce rôle supranational, indiscutable pour deux cent cinquante millions d'orthodoxes de par le monde, n'a pas toujours été bien admis par le gouvernement turc. Heureusement, un changement significatif a été enregistré depuis l'élection de Sa Sainteté le patriarche Bartholomaios 1er. Les choix politiques de la Turquie sont souvent contestés par l'Europe. Pourtant la Turquie présente un visage européen, elle occupe, en raison de sa réalité géographique, une position clef. Depuis les récents bouleversements en Europe centrale et au Moyen-Orient, Istanbul retrouve, plus que jamais, sa vocation de carrefour entre Orient et Occident.